Contexte

L’émergence du variant B.1.617.2 (Delta) et puis celle du variant B.1.1.529 (Omicron) ont entraîné une résurgence des cas de COVID-19 y compris dans des populations doublement vaccinées. Ainsi une première dose de rappel par un vaccin à ARNm a été approuvée au début du mois de septembre 2021 pour les personnes âgées de 65 ans et plus et a été étendue aux adultes de 18 ans et plus le 27 novembre 2021. Dans ce contexte, notre objectif était d’évaluer l’ampleur et la durabilité de l’efficacité de la première dose de rappel (troisième dose de vaccin) vis-à-vis du risque d’hospitalisation pour COVID-19 en France depuis le début de sa mise en œuvre, en distinguant les périodes où chacun des deux variants Delta (B.1.617.2) et Omicron (B.1.1.529) étaient prédominants.

Méthodes

La cohorte, constituée pour cette étude, intègre des données individuelles provenant de quatre sources de données principales : le Système National des Données de Santé (SNDS), le Système d’Information Vaccin COVID (VAC-SI), le Système d’Information de DEPistage (SI-DEP) et les données d’hospitalisation du Programme de médicalisation des systèmes d’information (PMSI) Fast Track.
L’étude s’étendait du 15 septembre 2021 au 31 janvier 2022 et incluait toutes les personnes âgées de 18 ans et plus ayant reçu deux doses d’un vaccin contre le SARS-CoV-2 avant le 15 septembre 2021. Les sujets ayant reçu une dose de rappel avant le 15 septembre 2021, ayant un délai inférieur à 90 jours entre la deuxième dose et la dose de rappel ou ayant reçu une troisième dose avec un vaccin à adénovirus, ont été exclus. L’événement d’intérêt principal était l’hospitalisation pour COVID-19. Chaque sujet a été suivi jusqu’à la survenue d’une hospitalisation pour COVID-19, du décès ou de la fin de l’étude (31 janvier 2022). La population d’étude a été divisée en deux groupes : les individus ayant reçu une troisième dose (groupe rappel) et ceux n’ayant pas reçu de troisième dose (groupe sans rappel). Les sujets ayant reçu une troisième dose au cours de la période d’étude ont été considérés dans le groupe sans rappel jusqu’à la date de leur troisième dose, puis dans le groupe rappel. Les sujets qui n’avaient pas reçu de troisième dose au 31 janvier 2022 ont été considérés dans le groupe sans rappel pendant toute la durée de l’étude.

Un modèle de Cox à risques proportionnels avec une exposition dépendante du temps a été utilisé pour estimer le risque relatif d’hospitalisation dû au COVID-19 dans le groupe rappel, par rapport au groupe non rappel, en ajustant sur les caractéristiques sociodémographiques et tout facteur de risque d’hospitalisation lié à la COVID-19. La durée de la protection vaccinale de la dose de rappel contre l’hospitalisation pour COVID-19, a été estimée par intervalles de temps suivant la vaccination par la dose de rappel. Ensuite, afin d’approcher l’impact des variants Delta et Omicron sur l’efficacité de la première dose de rappel, des analyses par sous périodes ont été menées. La première sous période allait du 15 septembre au 1er décembre 2021, période au cours de laquelle le variant Delta représentait plus de 99% des variants circulants. Une deuxième sous période allait du 2 au 25 décembre 2021, période durant laquelle le variant Delta restait stable et la diffusion du variant Omicron était croissante. La troisième sous période allait du 26 décembre 2021 au 31 janvier 2022, période au cours de laquelle le variant Omicron était largement majoritaire. Enfin, pour examiner la protection vaccinale spécifiquement au moment de la circulation du variant Omicron les sujets ayant reçu leur dose de rappel avant cette date ont été comparés à ceux qui n’avaient pas eu de dose de rappel avant le début de cette période à l’aide d’un modèle de Cox à risques proportionnels avec exposition non dépendante du temps. L’efficacité vis-à-vis du risque d’hospitalisation pour COVID-19 au cours de cette période a été examinée pour tous les vaccins à ARNm, par spécialité de vaccin (BNT162b2 mRNA (Pfizer), mRNA-1273 (Moderna)) et en fonction du temps écoulé depuis la dose de rappel.

Résultats

Au total, 37 258 768 sujets de 18 ans et plus, ayant reçu deux doses d’un vaccin contre la COVID-19 ont été inclus avec un suivi moyen de 138 jours. Parmi eux, 29 930 368 (80%) ont reçu une première dose de rappel par un vaccin à ARNm entre le 15 septembre 2021 et le 31 janvier 2022 avec un délai moyen entre l’inclusion et la dose de rappel de 90 jours. Les résultats de criblage, renseignés dans SI-DEP, montrent que les variants Delta (B.1.617.2) et Omicron (B.1.1.529) étaient les principaux variants circulant durant la période de l’étude avec Delta (99.9%) majoritaire au cours de la première sous période et Omicron dominant dans la dernière sous période (94%).
Au total, 27 718 hospitalisations pour COVID-19 sont survenues parmi les sujets inclus dont 17 808 dans le groupe sans rappel et 9 910 dans le groupe rappel. L’efficacité de la première dose de rappel vis-à-vis du risque d’hospitalisation pour COVID-19 était de 83% (IC 95% : 83% – 84%). Cette efficacité semblait augmenter au-delà de 14 jours après la dose de rappel. Elle était plus élevée dans les 1 à 2 mois suivant l’injection (89% (IC 95% : 88% – 89%)) et diminuait ensuite dans les mois qui suivaient pour atteindre 78 % (IC 95% : 76% – 80%) au-delà de 4 mois post-rappel. L’efficacité de la dose de rappel était de 85% (IC 95% : 83% – 86%) pendant la période Delta prédominant et de 81% (IC 95% : 80% – 82%) pendant la période Omicron prédominant. Durant la période à prédominance Omicron, l’efficacité vis-à-vis du risque d’hospitalisation pour COVID-19 de la dose de rappel était de 81% (IC 95 % : 80% – 82%) pour le BNT162b2 mRNA (Pfizer) et de 85% (IC 95 % : 84% – 86%) pour le vaccin mRNA-1273 (Moderna). Dans les analyses en fonction du temps écoulé depuis la dose de rappel, l’efficacité globale de la première dose de rappel par un vaccin à ARNm vis-à-vis du risque d’hospitalisation semblait décliner à 72% (IC 95% : 69% – 74%) au-delà de 3 mois post rappel.

Conclusions

En conclusion, la dose de rappel (par vaccin à ARNm) était associée à une protection accrue contre les hospitalisations pour COVID-19 parmi les sujets préalablement vaccinés par deux doses d’un vaccin anti-COVID-19 et ce en période Delta et Omicron. L’évaluation de cette efficacité en fonction du temps écoulé depuis la première dose de rappel suggère cependant que cette protection est susceptible de diminuer au cours du temps. Ces résultats peuvent éclairer les recommandations concernant l’administration des doses de rappel et d’autres mesures d’atténuation de la pandémie.